2006年5月15日，利皮宣布了23人的意大利国家队阵容，参加了2006年德国世界杯。 [44] 7月12日，由Lippi领导的意大利队以Andrea Pirlo和Vincenzo Jaqunta的进球以2-0击败加纳，赢得了世界杯的第一阶段。 7月22日，意大利在第三组比赛中对阵捷克队。利皮取代了亚历山德罗·内斯塔（Alessandro Nesta），后者由于比赛的第17分钟因受伤而尽早结束了世界杯之旅。最终，随着意大利Marco Matrazi和Filippo Inzagi的进球，以2-0击败了捷克队，并晋升为淘汰赛阶段。 [45]从7月26日至8月4日，在意大利在四分之一决赛中淘汰澳大利亚之后，利皮根据国防而将意大利队的组队从4-3-1-2改为4-4-1-1。因此，意大利队在四分之一决赛和半决赛中淘汰了乌克兰队，并分别以3-0和2-0接待德国队。 [46]在对德国的半决赛中，利皮改变了意大利球队的防守风格，并取代了三个前锋，以主动行动。意大利队最终在加时赛的最后一刻击败了德国队，以晋级决赛。 [47] 7月9日，利皮带领意大利队在决赛中面对法国队。双方在第120分钟并列1-1。法国队的核心Zinedine Zidane因在加时赛的第110分钟而被击中Marco Matrazi而被送走。 [48]在点球大战中，利皮在下半场取代了Daniele de Rossi和Alessandro Del Piero，以得分罚球。意大利队终于以6-4击败了法国，赢得了世界杯冠军。 [49] 7月12日，利皮在合同到期后辞去了意大利国家队的总教练。 [50] 12月12日，Lippi获得了意大利足球协会的Golden Banch特别贡献奖。 [51] 12月15日，利皮被《英国杂志世界足球》评为全球年度最佳教练。 [52]